Organisasi Tim Peningkatan Reputasi UGM bersifat kolektif yang terdiri atas tiga tim yaitu Tim Steering Committee (SC), Tim Inti, dan Tim Pelaksana. Pada Tim SC dan Tim Inti terdapat posisi Ketua dan Anggota. Pada Tim Inti terdapat pula posisi Wakil Ketua.

Tim SC diketuai oleh Rektor dan beranggotakan orang-orang yang ditunjuk untuk menjadi pengarah biasanya anggota Senat, Majelis Wali Amanat, dan Dewan Guru Besar. Tim Inti biasanya beranggotakan Pimpinan Universitas atau yang ditunjuk. Tim Pelaksana biasanya juga beranggotakan Pimpinan Universitas atau yang ditunjuk sebagai pelaksana teknis Program-program Peningkatan Reputasi. Seluruh anggota Tim SC, Tim Inti, dan Tim Pelaksana ditetapkan setiap tahunnya melalui Surat Keputusan Rektor.

Dalam kesehariannya Tim Inti dibantu oleh staf UGM yang secara kolektif disebut sebagai Tim Operasional dan ditunjuk secara ekslusif untuk melaksanakan fungsi POAC, termasuk didalamnya pelaksanaan berbagai Program Peningkatan Reputasi UGM. Titel staf pada Tim Operasional adalah Manajer Operasional dengan satu orang yang berperan sebagai koordinator dan satu orang yang berperan sebagai bendahara/PUMK.

Saat ini, staf UGM yang ditunjuk secara ekslusif tersebut seluruhnya terdaftar sebagai Staf Kontrak dengan Perjanjian Kerja Waktu Tertentu pada Kantor Jaminan Mutu (KJM).