Program-program di area riset dan akademik dikembangkan melalui berbagai pelatihan penulisan dan publikasi, dana penelitian, dan dorongan insentif publikasi ke jurnal-jurnal internasional terindeks untuk meningkatkan jumlah publikasi, citation per faculty, serta citation per paper hasil karya keilmuan UGM. Program-program tersebut secara signifikan telah dapat membawa UGM dalam Top 500 PT dunia pada pemeringkatan QS World University Rankings.

Terdapat tujuh program di area riset dan akademik yang mengawali Program Peningkatan Reputasi UGM. Kesuksesan beberapa program intensifikasi riset dan internasionalisasi akademik di replikasi pada tahun selanjutnya dengan beberapa pengembangan. Selain itu beberapa program baru juga ditambahkan setiap tahunnya.